計算股權轉讓所得時，如非居民向境內投資或轉讓股權時以人民幣以外的幣種計價的，應以非居民企業向被轉讓股權的中國居民企業投資時或向原投資方購買該股權時的幣種計算股權轉讓價和股權成本價。如果同一非居民企業存在多次投資的，以首次投入資本時的幣種計算股權轉讓價和股權成本價，以加權平均法計算股權成本價；多次投資時幣種不一致的，則應按照每次投入資本當日的匯率換算成首次投資時的幣種。

　　三、股權轉讓所得稅的繳納
　　按照企業所得稅法規定，對非居民企業在我國境內取得股權轉讓所得應繳納的企業所得稅，實行源泉扣繳，以依照有關法規規定或者合同約定對非居民企業直接負有支付相關款項義務的單位或者個人為扣繳義務人。扣繳義務人在每次支付或者到期應支付時，從支付或者到期應支付的款項中扣繳，并于代扣之日起7日內向主管稅務機關報送扣繳企業所得稅報告表。將稅款繳入國庫。

　　扣繳義務人未依法扣繳或者無法履行扣繳義務的，如股權交易雙方均為非居民企業，且在境內交易的，非居民企業直接在證券交易市場轉讓境內上市公司股權等，由非居民企業自合同、協議約定的股權轉讓之日起7日內，到被轉讓股權的中國居民企業所在地主管稅務機關申報繳納企業所得稅。

　　但如果被轉讓的境外控股公司所在國（地區）實際稅負低于12.5%或者對其居民境外所得不征收所得稅的，境外投資方（實際控制方）設立境外控股公司不具有合理的商業目的，僅僅通過濫用組織形式等安排間接轉讓中國居民企業股權的，經主管稅務機關審核報國家稅務總局批準后，可按照經濟實質對該股權轉讓交易重新定性，否定被用作稅收安排的境外控股公司的存在，即認定該境外投資方（實際控制方）取得了轉讓中國居民企業的股權所得，應按我國稅法規定繳納企業所得稅。698號文件還規定，非居民企業向其關聯方轉讓中國居民企業股權，其轉讓價格不符合獨立交易原則而減少應納稅所得額的。稅務機關有權按照合理方法進行調整。

　　需要注意的是，國稅函[2009]698號文件規定該通知自2008年1月1日起生效，發生在2008年以后所得的符合本通知規定的非居民股權轉讓所得都要追溯調整。

　　四、所得稅扣繳管理及風險防范
　　國稅函[2009]698號文明確要求，扣繳義務人未依法扣繳或者無法履行扣繳義務的，非居民企業應自合同、協議約定的股權轉讓之日（如果轉讓方提前取得股權轉讓收入的，應自實際取得股權轉讓收入之日）起7日內，到被轉讓股權的中國居民企業所在地負責該居民企業所得稅征管的主管稅務機關申報繳納企業所得稅，非居民企業未按期如實申報的，依照稅收征管法的有關規定處理。