A公司是B研究院全資子公司，符合特殊性稅務(wù)處理?xiàng)l件。B研究院若實(shí)施特殊性吸收合并，A公司資產(chǎn)、負(fù)債賬面價(jià)值以原有的計(jì)稅基礎(chǔ)并入B研究院。因A公司凈資產(chǎn)為負(fù)，可由合并企業(yè)彌補(bǔ)的被合并企業(yè)虧損的限額＝被合并企業(yè)凈資產(chǎn)公允價(jià)值×截至合并業(yè)務(wù)發(fā)生當(dāng)年年末國(guó)家發(fā)行的最長(zhǎng)期限的國(guó)債利率，B研究院可彌補(bǔ)的A公司虧損額為0。A公司近5年虧損額500萬(wàn)元無(wú)法得到彌補(bǔ)。同樣，B研究院投資A公司的虧損未獲得任何稅收彌補(bǔ)。

　　C方案：直接注銷

　　A公司通過(guò)程序?qū)嵤┵Y產(chǎn)、債權(quán)、債務(wù)清算后，直接注銷，B研究院投資A公司，產(chǎn)生投資損失。

　　《財(cái)政部、國(guó)家稅務(wù)總局關(guān)于清算業(yè)務(wù)企業(yè)所得稅若干問(wèn)題通知》（財(cái)稅〔2009〕60號(hào)）規(guī)定，企業(yè)的全部資產(chǎn)可變現(xiàn)價(jià)值或交易價(jià)格，減除資產(chǎn)的計(jì)稅基礎(chǔ)、清算費(fèi)用、相關(guān)稅費(fèi)，加上債務(wù)清償損益等后的余額，為清算所得。

　　A公司資不抵債，按照國(guó)家稅務(wù)總局清算所得申報(bào)表計(jì)算思路，A公司欠母公司B研究院往來(lái)款1300萬(wàn)元，因A公司無(wú)力償還，轉(zhuǎn)作債務(wù)清償收益。經(jīng)初步計(jì)算，清算所得為1150萬(wàn)元，彌補(bǔ)前5年虧損500萬(wàn)元后，還有清算所得650萬(wàn)元，需繳納稅款160萬(wàn)元左右。而A公司賬面存款只有1萬(wàn)元，根本無(wú)力繳納稅款。長(zhǎng)年虧損，資不抵債，無(wú)力清償?shù)狡趥鶆?wù)而關(guān)門的企業(yè)，竟然需要繳納清算企業(yè)所得稅，顯然有悖常理。在實(shí)踐中，資不抵債情況下清償收益如何計(jì)算，給執(zhí)行清算的稅務(wù)人員帶來(lái)很大困擾，需要國(guó)家稅局總局作出進(jìn)一步明確。對(duì)此，天津市地稅局、國(guó)稅局《企業(yè)清算環(huán)節(jié)所得稅管理暫行辦法公告》明確了清償收益計(jì)算限額，幫助企業(yè)走出了因無(wú)力償債而關(guān)門卻需繳納清算所得稅的死胡同。該辦法第十一條規(guī)定，企業(yè)清算期間確定的不需支付的應(yīng)付款項(xiàng)，需并入清算所得征稅。企業(yè)清算期間應(yīng)支付但由于清算資產(chǎn)不足以償還的未付款項(xiàng)，無(wú)需并入清算所得征稅。根據(jù)該辦法規(guī)定計(jì)算，A公司清算所得為-150萬(wàn)元。

　　《企業(yè)會(huì)計(jì)準(zhǔn)則第2號(hào)——長(zhǎng)期股權(quán)投資》第十一條規(guī)定，投資企業(yè)確認(rèn)被投資單位發(fā)生的凈虧損，應(yīng)當(dāng)以長(zhǎng)期股權(quán)投資的賬面價(jià)值以及其他實(shí)質(zhì)上構(gòu)成對(duì)被投資單位凈投資的長(zhǎng)期權(quán)益減記至零為限，投資企業(yè)負(fù)有承擔(dān)額外損失義務(wù)的除外。B研究院對(duì)A公司長(zhǎng)期股權(quán)投資為500萬(wàn)元，雖然A公司凈資產(chǎn)為負(fù)，未分配利潤(rùn)為-1650萬(wàn)元，遠(yuǎn)大于實(shí)收資本，但可確認(rèn)長(zhǎng)期股權(quán)投資損失只有500萬(wàn)元。報(bào)經(jīng)稅務(wù)機(jī)關(guān)審核后，在B研究院收益中稅前扣除。

　　B研究院借給A公司的往來(lái)款1300萬(wàn)元，因A公司注銷時(shí)無(wú)力償還，B研究院確認(rèn)為壞賬。《國(guó)家稅務(wù)總局關(guān)于企業(yè)資產(chǎn)損失所得稅稅前扣除管理辦法的公告》（國(guó)家稅務(wù)總局公告2011年第25號(hào)）第四十六條第五項(xiàng)規(guī)定，企業(yè)發(fā)生非經(jīng)營(yíng)活動(dòng)的債權(quán)，不得作為損失在稅前扣除。B研究院借給A公司的往來(lái)款1300萬(wàn)元，屬于非經(jīng)活動(dòng)的借款，稅前無(wú)法扣除。