四、專項審計的難點問題
專項審計的難點是對審計查出的問題如何處理，如何在報告中恰當的反映。
專項審計查出的問題，首先審計組成員要將證據提交項目負責人審核、確認后，再將審計證據交被審計單位的有關人員予以核實。對重大問題不要輕易下結論，不要輕易定性。對查出的重大問題在現場基本結束以后報告給部門經理，由部門經理處理。部門經理對處理有困難的可報專業公司經理直至專業委員會來定性、處理。
其次，應將所有審計查出的問題，都納入征求意見之中，都在審計報告中調整或披露（不是要求被審計單位調整）。實際工作中，有的盡管審計證據很充分，工作底稿已作了記錄，但審計人員認為將審計出的問題匯報了也沒有用處，被審計單位也不會調整，于是自作主張主動放棄了，不匯報了（有的為了省去麻煩，干脆把工作底稿撤出）。這樣就達不到專項審計的目的，也不能證明你在審計中是勤勉盡責的。審計出的問題與被審單位匯報交流以后，即使在審計報告中未作調整、未作披露，起碼被審計單位知道他單位的報表是有問題的，并且存在的問題也被我們審計人員查出來了，將來即使被認定審計失敗，也能證明審計人員與被審計單位不是串通的，承擔責任也是過失責任。如果你查出的問題既不匯報也不與委托方溝通就自動放棄了，被審計單位就不知道你在審計中曾查出過、發現過問題，假若以后被查出審計失敗，被審計單位也會把責任全部推到審計人員身上。另一方面審計人員什么問題沒有查出來，人家就不知道審計人員的水平，就不會尊重你，有時收費也不好談。審計不僅需要審計結果，也需要發現問題、處理問題的過程。
第三，專項審計對查出的問題，并不是只披露一下就可以了，還必須根據審計證據調整出一個完整的審計結果來，不考慮被審計單位是否調整。比如改制審計將應付福利費余額、應付職工教育費余額轉入凈資產中，被審計單位是持續經營的，不一定在企業核算上同時作上述調整。
專項審計與年度財務報表審計不同，專項審計報告不是一定要被審計單位同時進行調整或同意調整，才能調整報表。審計認定數是審計人員確認的數，不是被審單位調整賬務后的數額。專項審計是審計人員獨立作審計結論，不是與被審單位一起作審計結論。例如事務所接受委托，對一財務混亂的單位進行審計，查出了現金賬實不符，存貨賬實不符，審計報告披露這些事項是不能滿足審計要求的，必須根據審計證據調整出一個完整的審計結果。委托方（尤其是領導）往往只看最終數字結果，不看調整過程，不看披露，使用時直接引用結果數據。直接調整出審計結果來是政府審計或企業內部審計基本要求，也是對專項審計的要求。審計報告后企業可以根據審計證據經報批后進行處理賬務，也可以不處理。