專項審計調查，是指審計機關為了及時向各級人民政府提供經濟信息，促進宏觀調控，主要通過審計對與國家財政收支有關或者本級人民政府交辦的特定事項，向有關地方、部門、單位進行的專門調查活動。《審計署2003-2007年審計工作發展規劃》指出：“實行審計與專項審計調查并重，逐步提高項審計調查的比重，爭取到2007年專項審計調查項目占整個項目的一半左右。重點調查國家政策法規執行中存在的問題和重大決策的落實情況，促進加強宏觀管理，完善法規制度”，今年全國審計工作會議確定的三項重點之一也是要加大審計調查的覆蓋面和力度。這表明審計調查作為審計方式的一種創新，越來越受到重視和加強，而當前審計調查還處于起步階段，在實踐中深感有許多理論尚待探討，下面就專項審計調查的有關問題談一些看法。
一、開展專項審計調查的現實意義
(一)專項審計調查能充分發揮審計監督在促進宏觀決策方面的作用。當前，我國正處于經濟體制轉軌、社會轉型的特定歷史時期，經濟工作中存在的許多問題，是涉及改革發展的帶有體制性的深層次問題，不能一概以對錯評論之，或簡單對待這些問題，一般的審計方法有時難以適應，定性處理也不好掌握。而應更多采用專項審計調查的方式，其立足點在于為領導層的決策和政策法規的完善提供依據，對經濟生活中存在的大量合理不合法的事項不處理但如實予以反映。最近幾年，審計署統一組織的審計項目絕大多數采用了審計調查的方式，并收到了比較好的效果。雖然從微觀層面看，審計調查的方式使審計收繳、歸還原渠道的資金量大為減少，似乎削弱了審計的力度。然而宏觀層面表明，通過審計調查把揭露問題與從體制上、機制上深入分析原因結合起來，更有助于領導的科學決策和政策法規的完善。
（二）專項審計調查可以集中深刻地反映經濟生活中的突出問題。應該說，審計與專項審計調查各有側重點和特點。審計主要是針對各個具體的項目和單位，突出 “摸清家底”，進而揭露問題，促進各單位自身加強管理，具有很強的微觀性；而專項審計調查在很多情況下針對的是改革和經濟生活中某一方面帶有普遍性、苗頭性、潛在性的突出問題，也就是通常所說的“重點”、“難點”、“熱點”問題，直接為領導的決策提供服務，具有相當的宏觀性，可以集中深刻地反映經濟生活中的突出問題。
（三）專項審計調查可以更好地提高審計工作的質量和水平。
專項審計調查更有效地擴大審計監督面，緩解任務重、人手少的突出矛盾，為日常審計（包括行政事業審計、經濟責任審計、投資審計等）提供基礎性信息，減少審前調查，使審計項目計劃的制定更具針對性、科學性，更有利于 “全面審計、突出重點”。開展專項審計調查，必須具有全局觀念，善于把握總體概念，注重審計成果的加工提煉，通過專項審計調查實踐，更有利于提高審計人員的綜合水平，培養復合型人才，更好地提高審計工作的質量和水平。另外，隨著時代的發展，政府職能由管理向服務的轉變，作為政府組成部門的審計，也應該形成與被審計單位互動的良性循環局面。通過審計調查，從體制上、機制上提出有益于被審計單位的建議或者通過審計的呼吁，幫助被審計單位解決實際困難，而不僅僅是處理處罰，這些措施更會受到被審計單位的歡迎，從而形成審計與被審計單位的良性互動。