一、醫院審計中存在的主要問題
　　(一)審計監督工作滯后
　　當前醫院基建項目審計工作主要是對項目完工后進行的決算審計，無法對基建工程進行全過程的監督，特別是基建維修項目，審計部門根本就無法掌握情況。管基建維修的科室不及時整理送審資料，有的維修項目已維修了好幾年還沒有結賬。甚至維修項目已拆除還沒結賬，以致于維修項目中的許多內容無法核實，建設過程中存在的問題無法及時發現，審計監督根本就到不了位。
　　(二)審計工作方法落后
　　許多單位領導沒有信息化管理意識，不愿意投入更多的經費在審計工作上，有的審計科電腦都沒有，即便有電腦也沒有配備基建審計軟件，審計還是采用手工方法進行核對，這樣不僅工作量大，而且數字核對不準，效率低下，嚴重影響了審計工作的開展。有的單位由于缺乏專業審計人員，根本就不進行審計，直接根據施工方的送審價進行打折，造成送審方虛報送審價。
　　(三)審計職責不清
　　審計是由專職機構和人員對被審計單位的財政、財務收支及其他經濟活動的真實性、合法性和效益性進行審查和評價的獨立的經濟監督活動。審計的基本職能是監督，而且是經濟監督，是以第三者身份所實施的監督。目前，許多醫院管基建維修的科室沒有配備專門的基建預決算員，只知道讓基建隊人員施工，不要求對方做預算圖和造價預算，協商項目也不與對方談價，僅僅是在結算時核對一下工程量，根本就不知道套定額，最后談價和套定額的任務就落到了審計部門身上。審計部門變成了既是執行者，又是監督者，導致職責不清，容易引起腐敗現象的發生。
　　(四)審計人員配置不合理
　　單位領導不重視內審工作，內審機構不健全，人員配置不合理。有的將紀檢、監察、審計放一個部門辦公，還有的雖然設立了工程審計崗，但不是專業工程審計人員，有的即使是配備了專業工程審計人員，但人員配置不是根據工作任務、工作量而定的，隨意配置1至2人，導致從事工程審計的人員數量少與工程審計任務繁重的矛盾日益突出，造成工程審計人員長期超負荷工作，嚴重影響了工程審計的效果。
　　(五)聘請的會計師事務所審計質量不高
　　按照審計法的相關規定，基建項目達到一定的金額就必須請社會中介機構進行審計。在委托社會中介機構開展審計工作中，往往會存在一些問題，而醫院卻無法進行有效的監督管理。1、在實施審計過程中，受托社會中介機構串通被審計人或單位，泄露與被審計項目有關的秘密，嚴重違反職業道德，給醫院造成經濟損失。2、對有害于醫院經濟利益。爭議較大的方面，不經院方代表到場，私自拍板定案。3、在套用定額和材料價格上不從實際出發，工作不認真負責，不到施工現場查看所用材料。不核實工程量。以致于核減幅度比較少，醫院基建開支顯著增加。